組織としては、 研究のための研究ユニットと運営のための企画・運営委員会を設ける。 これにより、 金研における放射光利用研究の推進機能とそのための施策立案、研究推進、対外窓口等の企画・調整機能の両面を 実施出来る体制とする。

センター長および利用研究ユニットの長は以下の通りとする。 企画・運営委員会には、上記3名に加えて、佐々木教授、藤田教授を加える。そのメンバーについては、発足後、企画・運営委員会が選定する。

• センター長　杉山教授
• 1)材料構造相関研究ユニット（ユニット長 杉山教授）
• 2)材料機能相関研究ユニット（ユニット長 梅津教授）
• 3)先端計測開発ユニット （ユニット長 野尻教授）